本分署管轄區域範疇為台南市，行政區域共計37區。原來之轄區分為台南縣及台南市，轄區於99年12月25日合併升格為為直轄市。
目前轄區37個行政區中，原屬台南市者為東、中西、南、北、安平、安南6個行政區，屬原台南縣者為新營區、永康區、鹽水區、白河區、麻豆區、 佳里區、新化區、善化區、學甲區、柳營區、後壁區、東山區、 下營區、六甲區、官田區、大內區、西港區、七股區、將軍區、 北門區、新市區、安定區、山上區、玉井區、楠西區、南化區、 左鎮區、仁德區、歸仁區、關廟區、龍崎區等三十一個行政區域。
轄區37個行政區總面積2191.6平方公里，人口約187萬5千餘人。 轄區地方法院為臺灣臺南地方法院。