台灣新冠疫情危機擴大，感染變種病毒奧密克戎(Omicron)的本土案例激增，自2022年起，已超過300例，引發全台高度戒備。農曆春節將至，回台旅客感染案例激增，北部半導體電子廠及南部高雄港區分別傳出外籍勞工及本地工作者群聚感染，引起民眾緊張。中央政府並未有升高防疫或封鎖的決定，而是採取防堵及大規模匡列檢測為戰略。中央流行疫情指揮中心（CDC）專家小組委員李秉穎表示，目前台灣絶對還是在清零的階段：「現在要完全開放，醫療體系是無法承受的……明顯的例子，像是英國現在放棄防疫，每天還有近300人新冠病逝，這是超過流感的死亡率，顯示疫情還沒有完全輕症化，台灣不可能這樣走，完全開放。」
本分署配合行政院政策,並因應疫情變化，於春節期間擬安排執行同仁與行政同仁值勤待命，倘有義務人被限制出境出海或被移送者可機動迅速處理相關案件。另配合中央疫情指揮中心及臺南市政府防疫宣導,本分署全體同仁不懈怠,官網持續宣導同仁及民眾關注疫情，同時採購添加足夠的口罩、酒精等防疫物資並謹守義務人及繳款人應於出入本分署洽公時務必量測額溫及佩戴口罩；採實聯制登載民眾基本資料，同時安排志工引導民眾至集中繳款處再通知所屬股別負責承辦的人員受理案件，此外亦特別設置協談室方便民眾集中洽詢，以持續保持社交安全距離，貫徹防疫原則，保護機關與民眾健康。