指揮中心指揮官陳時中4/12表示，4月底單日新增本土個案可能達上千例，現在北北基桃已列入高風險區域，擬啟動快篩；陳也提到實聯制的退場時間，由於確診數不斷攀升，疫調、匡列的速度趕不上病毒，希望大家能下載台灣社交距離APP，藉此快速接到接觸通知，並主動篩檢，他表示，如果台灣社交距離APP的使用戶超過1200萬人，實聯制將朝向取消。指揮中心再次呼籲，民眾應落實手部衛生、咳嗽禮節及佩戴口罩等個人防護措施，減少不必要移動、活動或集會，避免出入人多擁擠的場所，或高感染傳播風險場域，並主動積極配合各項防疫措施，共同嚴守社區防線。
配合中央及臺南市府新冠肺炎疫情宣導，本分署全體同仁不鬆懈，除了配合上級機關實施居家辦公持續推動業務外,仍謹守義務人及繳款人應於出入本分署洽公時務必量測額溫及佩戴口罩;並實名制登載民眾基本資料,同時安排志工引導民眾至集中繳款處再通知所屬股別負責承辦的人員受理案件，此外亦特別設置協談室方便民眾集中洽詢，以持續保持社交安全距離，貫徹防疫原則，保護機關與民眾健康。